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응용 프로그램 온톨로지 기반 시맨틱 그리드 관리 시스템
김민성, 이관수, Kim. Min-Sung, Yi. Gwan-Su 한국컴퓨터정보학회 韓國컴퓨터情報學會論文誌 11 Pages
한국컴퓨터정보학회 韓國컴퓨터情報學會論文誌 2008, Vol.13 No.3 65-75 (11 pages)
그리드 컴퓨팅은 분산된 컴퓨팅 자원들을 서로 연결하여 방대한 양의 계산 작업을 가능케 하는 기술로써 다양한 분야에서 사용되고 또한 발전되어 왔다. 하지만 기존의 연구들은 주로 그리드 자원을 효율적으로 관리하고 사용하는 것에 초점을 두었지, 실제 그리드 환경에서 수행되는 응용 프로그램들의 정보에 대한 체계적인 이해 및 관리는 제대로 이루어지지 않았다. 따라서 응용 분야의 사용자가 그리드 컴퓨팅 환경을 사용하기 위해서는 매번 응용 프로그램의 그리드 관련 요구사항들을 구체적으로 이해하고 기술할 수 있는 전문적인... -
클러스터 환경에서의 MPI 기반 병렬 서열 유사성 검색에 관한 연구
홍창범, 차정호, 이성훈, 신승우, 박근준, 박근용, Hong. Chang-Bum, Cha. Jeoung-Ho, Lee. Sung-Hoon, Shin. Seung-Woo, Park. Keun-Joon, Park. Keun-Young 한국컴퓨터정보학회 韓國컴퓨터情報學會論文誌 10 Pages
한국컴퓨터정보학회 韓國컴퓨터情報學會論文誌 2006, Vol.11 No.6 69-78 (10 pages)
생물정보학 연구 있어서 아미노산이나 염기서열에 대한 유사성이나 상동성을 찾아내는 작업은 유전자의 기능에 대한 예측이나 단백질 구조를 예측하는 연구의 기반이 된다. 이러한 서열 데이터는 컴퓨터의 도입으로 매우 빠르게 증가하고 있다. 이러한 시점에서 서열에 대한 검색 속도는 매우 중요한 요소이기 때문에 대량의 서열정보를 다루기 위해서는 SMP(Sysmmetric Multi-Processors) 컴퓨터나 클러스터를 이용하고 있다. 본 논문에서는 서열 검색에 사용되는 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)의 속도향상을 위한 방법으로... -
Etherboot 기반의 CGRID 구축과 서열분석에의 적용
김태경, 조완섭, Kim. Tae-Kyung, Cho. Wan-Sup 한국컴퓨터정보학회 韓國컴퓨터情報學會論文誌 14 Pages
한국컴퓨터정보학회 韓國컴퓨터情報學會論文誌 2005, Vol.10 No.6 195-208 (14 pages)
최근 생물학 분야에서 실험 도구의 발달 및 컴퓨터 기술의 도입으로 생물 데이터가 폭발적으로 증가하고 있다. 대량의 생물 데이터로부터 의미 있는 정보를 추출하는 것은 매우 중요한 문제이다. 서열비교는 유전자 및 단백질 기능 예측을 하기 위해 사용되는 가장 기본적인 분석방법이다. 하지만, 급격히 증가하는 대량의 서열데이터에 대하여 처리시간 또한 많이 소요된다. 본 논문에서는 이러한 성능상의 한계를 극복하고 기존 미들웨어 방식의 그리드를 보완하기 위하여 하드웨어 기반의 그리드인 CGRID (Chungbuk national... -
단백질 모티프 예측 및 갱신 프로토 타입 구현
노기용, 김원식, 이범주, 이상태, 류근호, Noh. Gi-Young, Kim. Wuon-Shik, Lee. Bum-Ju, Lee. Sang-Tae, Ryu. Keun-Ho 한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part D. Part D 10 Pages
한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part D. Part D 2004, No.0 845-854 (10 pages)
모티프 데이터베이스는 새롭게 등장하는 원시 단백질 서열의 기능 및 구조 예측에 사용된다. 이러한 모티프 데이터베이스들은 원시 단백질 서열의 빠른 성장과 더불어 급속한 이용 증가 추세를 보이고 있으며, 최근에 이르러 모티프 자원 통합에 관한 연구가 진행되고 있다. 그러나 이러한 모티프 데이터베이스들은 각기 개별적인 메소드로 개발되었기 때문에 각기 다른 형식의 검색 결과를 제공한다. 이러한 문제 해결을 위한 데이터베이스 통합에서는 데이터베이스 자동 갱신 문제, 복잡한 질의 처리 문제, 중복된 데이터베이스 엔트리... -
웹 서비스를 이용한 바이오 서열 정보 데이터베이스 및 통합 검색 시스템 개발
이수정, 용환승, Lee. Su-Jung, Yong. Hwan-Seung 한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part D. Part D 10 Pages
한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part D. Part D 2004, No.0 755-764 (10 pages)
최근, 바이오 관련 장비, 기술들이 발전함에 따라, 바이오 관린 데이터나 그것을 제공하는 호스트들이 급속하게 증가하고 있나. 또한, 이러한 데이터들은 개발 커뮤니티들의 수만큼, 분산되고 이질적인 면을 가시고 있어서, 바이오 관련 데이터베이스의 통합과 연동기능의 세공이 중요한 문제가 되고 있다. 그러나, 현재까지 진행되고 있는 많은 통합 연구 시스템의 대부분이 링크기반, 데이터웨어하우징 구축 기반으로 하고 있어서, 데이터 스키마나 데이터의 변경시, 실시간 업데이트와 같은 문제점을 보인다. 이러한 비효율적인 면을... -
모티프 자원 통합을 이용한 단백질 모티프 예측 시스템 구현
이범주, 최은선, 류근호, Lee. Bum-Ju, Choi. Eun-Sun, Ryu. Keun-Ho 한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part D. Part D 10 Pages
한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part D. Part D 2003, No.0 679-688 (10 pages)
지놈 서열 시퀀싱을 통해 생성되는 원시 데이터에 대한 단백질 기능 및 구조 예측에 사용되는 모티프 데이터베이스들은 원시 데이터들의 폭발적인 성장추세에 맞추어 그 사용빈도가 증가하고 있다. 그러나 이러한 모티프 데이터베이스들은 독자적으로 개발, 발전하여왔고 웹 기반 cross-reference를 이용한 논리적 통합을 추진하여왔기 때문에 이질적인 검색 결과와 복잡한 질의 처리 문제, 중복된 데이터베이스 엔트리 핸들링 문제 등을 갖고 있다. 따라서, 이 논문에서는 이런 문제점들을 개선하기 위하여 물리적인 모티프 자원 통합을... -
단백질 3차원 구조의 지역적 유사성을 이용한 Flexible 단백질 구조 정렬에 관한 연구
박찬용, 황치정, Park. Chan-Yong, Hwang. Chi-Jung 한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part B. Part B 8 Pages
한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part B. Part B 2009, No.0 359-366 (8 pages)
구조적 생물 정보학 분야는 단백질의 3차원 구조를 대상으로 단백질을 연구하는 분야이며, 본 논문에서는 구조적 생물 정보학 분야의 핵심 연구 주제중의 하나인 Flexible 단백질 구조 정렬에 관한 새로운 알고리즘을 제시한다. Flexible 단백질 구조 정렬을 위하여, 단백질의 3차원 구조의 지역적인 유사성을 이용하여 두 단백질의 유사한 부분 구조를 추출해 내고, 이 추출된 유사 구조간에 연결 가능성을 검색하여 정렬이 가능한 모든 유사 구조를 찾고, 이 유사 구조에 꺽임점을 도입하여 Flexible 단백질 구조 정렬을 수행하였다. 이... -
집합 결합과 신경망을 이용한 복합질환의 예측
최현주, 김승현, 위규범, Choi. Hyun-Joo, Kim. Seung-Hyun, Wee. Kyu-Bum 한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part B. Part B 8 Pages
한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part B. Part B 2008, No.0 323-330 (8 pages)
복합질환은 다수의 유전자들이 상호작용하여 유발되는 질병으로서, 여러 유전자들이 관여한다는 복잡성 때문에 전통적인 분석 방법을 적용하는데 한계가 있다. 최근에는 기계학습 기법을 이용한 새로운 분석 방법들이 제안되고 있다. 신경망은 이처럼 복잡한 데이터에서 일정한 패턴을 찾아 이를 분류하는데 적합한 모델이다. 그러나 다량의 데이터가 입력으로 들어오는 경우에 학습에 오랜 시간이 걸리고 패턴을 찾기가 어려워지는 단점이 있다. 본 연구에서는 다량의 SNP 데이터로부터 질병에 연관된 소수의 중요 SNP을 찾기 위한... -
구문관계에 기반한 유전자 상호작용 인식
김미영, Kim. Mi-Young 한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part B. Part B 8 Pages
한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part B. Part B 2007, No.0 383-390 (8 pages)
단백질이나 유전자들 간의 상호작용 인식은 생물학적 현상의 기술에 있어서 필수적이고, 이러한 상호작용의 네트웍 파악은 생물학 접근의 시작이라고 할 수 있다. 최근에, 대량의 생물학 관련 문서로부터 자연언어처리 기술을 사용하여 이러한 정보를 추출하려는 연구들이 많이 등장했다. 또한 이전 연구들은 언어학적 정보가 문서로부터 유전자 상호작용을 자동으로 추출하는 데 있어서 유용하다고 주장하고 있다. 하지만 기존의 방법들은 정확률에 비해 재현율이 많이 낮아서 성능이 그다지 좋지 못했다. 정확률의 감소 없이 재현율의...