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객체지향 온톨로지 관리기를 이용한 바이오 온톨로지 생성
양경아, 양형정, 양재동, Yang. Kyung-Ah, Yang. Hyung-Jeong, Yang. Jae-Dong 한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part B. Part B 12 Pages
한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part B. Part B 2004, No.0 437-448 (12 pages)
본 논문에서는 온톨로지를 구축하고 관리하는 객체 지향 온톨로지 관리기(Object-oriented Ontology Manager, OOM)를 이용한 바이오 온톨로지의 구축과 관리를 보인다. OOM은 객체지향 패러다임을 기반으로 보다 정교한 온톨로지의 구축을 위해 다양한 관계들을 지원하며, 다른 온톨로지와의 병합을 위해 다른 언어로의 온톨로지 번역기를 제공한다. OOM은 생명 정보학 관련 온톨로지의 많은 지식을 내포하고 있는 용어와 이들 간의 복잡한 관계를 쉽게 표현할 수 있도록 가시적인 개념화에 의해 온톨로지를 구축한다. 또한, 관계 링크에... -
진화연산 기반 계층적 하이퍼네트워크 모델에 의한 암 특이적 microRNA-mRNA 상호작용 탐색
김수진, 하정우, 장병탁, Kim. Soo-Jin, Ha. Jung-Woo, Zhang. Byoung-Tak 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 컴퓨팅의 실제 및 레터 5 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 컴퓨팅의 실제 및 레터 2010, Vol.16 No.10 980-984 (5 pages)
microRNA (miRNA)와 mRNA 조절 상호작용 탐색은 다양한 생물학적 현상에 있어 새로운 시야를 제공해 줄 수 있다. 최근 생물학적 프로세스에서 miRNA는 유전자 발현을 제어하고 세포를 기능적으로 조절하는 중요한 역할을 하는 요소로 밝혀졌다. 이에 복잡한 생물학 시스템에서 miRNA의 기능적 활동을 이해하기 위해서는 miRNA와 mRNA간 상호작용 분석은 필수적이다. 그러나 아직까지 복잡한 miRNA와 mRNA간 상호작용 관계를 추론하는 것은 어려운 문제이기 때문에 많은 연구자들이 실험적, 전산학적 접근 방법을 제안하며 활발한 연구를... -
SNP 조합 인자들의 진화적 학습 방법 기반 질병 관련 복합적 위험 요인 추출
이제근, 하정우, 배설희, 김수진, 이민수, 박근준, 장병탁, Rhee. Je-Keun, Ha. Jung-Woo, Bae. Seol-Hui, Kim. Soo-Jin, Lee. Min-Su, Park. Keun-Joon, Zhang. Byoung-Tak 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 컴퓨팅의 실제 및 레터 5 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 컴퓨팅의 실제 및 레터 2009, Vol.15 No.12 928-932 (5 pages)
생체 내에서 질병 발생은 다양한 요인들의 복합적인 작용에 의해 발생한다. 하지만, 대부분의 질병 관련 원인을 발견하고자하는 연구들에서는 여러 요인들의 다양한 조합들을 복합적으로 고려하여 분석하기에는 한계가 있는 경우가 많다. 단 하나의 질병 관련 요인들을 찾는 것데 그치고 있다. 본 연구에서는 유전체 정보과 임상 정보를 이용하여 질병 분류 모델 기반 인자 조합들의 진화적 학습 방법을 제안한다. 이 방법을 이용하여 본 연구에서는 질병 관련 주요 인자를 찾고, 이를 시각화할 수 있는 시스템을 만드는 것을 목적으로... -
올리고뉴클레오타이드 제작을 위해 효율적이고 차별적인 시드를 고르는 방법에 대한 고찰
정원형, 박성배, Chung. Won-Hyong, Park. Seong-Bae 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 시스템 및 이론 8 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 시스템 및 이론 2009, Vol.36 No.1 1-8 (8 pages)
생물정보분야에서 올리고뉴클레오타이드(oligonucleotide)를 제작하는 문제는 시간을 많이 소모하는 문제이다. 이 문제를 해결하기 위하여 해시를 이용한 가속계산이 주로 쓰이고 있고 BLAST란 프로그램이 대표적으로 생물정보분야에서 사용되고 있다. BLAST류의 프로그램들은 DNA서열의 특성에 따라 시드를 변형하여 해시를 개선하는 알고리즘을 적응하여 서열간의 유사도가 높은 부분을 찾는다. 그러나 이 프로그램들은 원래 올리고뉴클레오타이드 제작을 위해서가 아닌 지역정렬 문제를 해결하기 위한 방법들로써 발전하여 왔으므로 본... -
최적 연관 속성 규칙을 이용한 비명시적 단백질 상호작용의 예측
엄재홍, 장병탁, Eom. Jae-Hong, Zhang. Byoung-Tak 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 13 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 2006, Vol.33 No.4 365-377 (13 pages)
단백질들은 서로 다른 단백질들과 상호작용 하거나 복합물을 형성함으로써 생물학적으로 중요한 기능을 한다고 알려져 있다. 때문에 대부분의 세포작용에 있어 중요한 역할을 하는 단백질 상호작용의 분석 및 예측에 대한 연구는 여러 연구그룹으로부터 풍부한 데이타가 산출되고 있는 현(現) 게놈시대에서 또 하나의 중요한 이슈가 되고 있다. 본 논문에서는 효모(Saccharomyces cerevisiae)에 대해 공개되어있는 단백질 상호작용 데이타들에서 속성들 간의 연관을 통해 유추 가능한 잠재적 단백질 상호작용들을 예측하기 위한 연관속성... -
마이크로어레이 이미지 분석을 위한 계층적 그리드 정렬 알고리즘
천봉경, 진희정, 이평준, 조환규, Chun. Bong-Kyung, Jin. Hee-Jeong, Lee. Pyung-Jun, Cho. Hwan-Gue 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 11 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 2006, Vol.33 No.2 143-153 (11 pages)
마이크로어레이(microarray) 실험은 수백 개 혹은 수천 개의 유전자 발현(expression) 정보를 한 번에 실험을 할 수 있기 때문에, 유전자 비교분석에 있어서 획기적인 실험 방법이다. 먼저, 각 유전자의 발현량을 측정하기 위해서 마이크로어레이 실험 결과로 생성된 이미지를 분석해야 한다. 그러나 마이크로어레이 이미지는 많은 유전자들로 구성되어 있기 때문에 사용자가 일일이 수동으로 유전자인 스팟(spot)들을 분석하기는 어려운 일이다. 이와 같은 문제점을 해결하기 위하여 메타그리드(meta-grid)를 이용한 그리딩(gridding)... -
유전자 상호작용 데이터베이스 SOAP서버 객체 모델의 설계 및 구현
이호일, 유성준, 김민경, LEE. HO IL, Yoo. Seongjoon, Kim. Minkyung 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 9 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 2005, Vol.32 No.2 120-128 (9 pages)
최근 주요 생물정보학 데이타베이스 중 DDBJ, ENSEMBL, KEGG, 등의 데이타베이스는 연구자들의 편의를 위해 데이타와 분석용 도구들을 웹 서비스를 이용하여 제공한다. 이와 같이 웹 서비스를 이용하여 서비스를 제공하기 위해서는 SOAP 서버 객체와 메소드 정의가 매우 중요하다. 이 연구에서는 BIND, MINT, DIP과 같은 유전자 상호작용 데이타베이스를 위해서 필요한 SOAP 서버 객체에 대한 요구사항을 도출한다. 이어서 이 요구사항을 만족하는 SOAP 서버 객체와 메소드를 정의하였다. 이를 기반으로 프로토타입을 설계하고 구현한... -
BSML 기반 능동 트리거 규칙을 이용한 염기서열정보관리시스템의 구현
박성희, 정광수, 류근호, Park. Sung Hee, Jung. Kwang Su, Ryu. Keun Ho 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 19 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 2005, Vol.32 No.1 24-42 (19 pages)
유전체 서열을 포함하는 생물정보는 지속적으로 변화하며 이질적이고 다양하다는 특성을 갖는다. 이러한 생물 정보의 특성을 반영한 관리시스템이 요구되지만 현재 대부분의 기존 생물정보 데이타베이스는 생물 데이타에 대한 저장소로만 이용된다. 따라서 이 논문에서는 생물학 연구실 수준에서 시퀀싱 실험을 통해 생산되거나 다양한 공개용 데이타베이스로부터 수집된 염기 서열 데이타를 파일 포맷 변환, 편집, 저장 및 검색을 수행하는 서열정보관리 시스템을 제시한다. 이질적인 서열 포맷간의 파일 변환을 위하여 XML기반 BSML을... -
웹서비스 기반 바이오 정보 통합 기술 동향
유성준, 김용국, 박성호, 박선희 한국정보과학회 데이타베이스 연구 10 Pages
한국정보과학회 데이타베이스 연구 2003, Vol.19 No.1 88-97 (10 pages)
본 논문에서는 웹서비스 방법을 이용한 바이오 정보 통합에 관한 세계적인 기술동향에 관해 알아본다. 일반적으로 알려진 바이오 정보 및 자원은 각자 독특한 특성을 가짐은 물론 그 데이터모델이 항상 변하고 있다는 특성상 통합에는 어려운 점이 많다. 이런 기존의 문제를 웹서비스 기술을 이용하여 통합하려는 노력이 시도되고 있으며, 현재 연구되고 있는 대표적인 기술로는 Bio-Moby, MrGrid, DDBJ, DAS 등이 있다. 이들이 통합하고자 하는 대상와 목적은 조금씩 차이가 있지만, 웹서비스가 근간이 된다는 점에서는 그 공통점을...