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의료 문헌에서의 절차적 지식 추출
송사광, 최윤수, 최성필, 오흥선, 맹성현, 전홍우, 정창후, Song. Sa-Kwang, Choi. Yun-Soo, Choi. Sung-Pil, Oh. Heung-Seon, Myaeng. Sung-Hyon, Chun. Hong-Woo, Jeong. C 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 컴퓨팅의 실제 및 레터 5 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 컴퓨팅의 실제 및 레터 2012, Vol.18 No.2 123-127 (5 pages)
본 연구는 전문의와 함께 의료 문헌의 초록을 분석하여 의료문서에서의 절차적 지식을 모델링하고 텍스트 마이닝 기법을 적용하여 절차적 지식을 추출하는 방법론에 대해 기술한다. 절차적 지식은 목적과 해법의 묶음으로, 해법은 다시 단위 절차 지식의 네트워크로 정의 하였고, 목적과 해법 문장 추출과 해당 문장에서 절차적 지식 추출을 위해, 품사태깅, 구문분석, 술어-논항 구조, 온톨로지 용어 매핑 정보 등에 기반한 기계학습 방법을 사용하였다. 실험을 위해 전문의와 함께 위암과 척추질환에 대한 1309 문서에 절차적 지식... -
그래프 이론 기반의 단백질-단백질 상호작용 데이타 분석을 위한 시스템
진희정, 윤지현, 조환규, Jin. Hee-Jeong, Yoon. Ji-Hyun, Cho. Hwan-Gue 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 시스템 및 이론 15 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 시스템 및 이론 2006, Vol.33 No.5 267-281 (15 pages)
단백질-단백질 상호작용(PPI : Protein-Protein Interaction) 데이타는 생물체가 어떠한 메커니즘으로 생명을 유지하는지에 대한 정보를 담고 있다. 질병 연구나 신약 연구를 위해서 PPI 데이타를 이용한 많은 연구들이 이루어지고 있다. 이러한 PPI 데이타의 크기는 Yeast-two-hybrid, Mass spectrometry과 Correlated mRNh expression과 같은 방법들로 인하여 점차 그 증가량이 커지고 있다. 따라서 단백질-단백질 상호작용 데이타의 방대한 양과 복잡한 구조로 인하여 사람이 직접 분석하는 것은 불가능하다. 다행히도 PPI 데이타는... -
품질 정보를 이용한 서열 배치 알고리즘
나중채, 노강호, 박근수, Na. Joong-Chae, Roh. Kang-Ho, Park. Kun-Soo 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 시스템 및 이론 9 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 시스템 및 이론 2005, Vol.32 No.11 578-586 (9 pages)
본 논문에서 다루는 문제는 품질 정보를 가지는 서열을 배치(alignment)하는 알고리즘이다. 시퀀싱(sequencing) 작업의 일부인 염기 결정 프로그램(base-calling program)에 의해서 생성되는 DNA 서열은 각 염기가 어느 정도 신뢰할 수 있는 가를 나타내는 품질 정보를 가진다. 그러나 지금까지 개발된 서열 배치 알고리즘들은 이러한 품질 정보를 고려하지 않았다. 본 논문에서는 품질 정보를 가지는 두 서열의 배치를 평가하는 기준을 제시한다. 이 평가 기준에 의한 최적의 서열 배치는 동적 프로그래밍(dynamic programming) 기법에... -
유전자 알고리즘과 Feature Wrapping을 통한 마이크로어레이 데이타 중복 특징 소거법
이재성, 김대원, Lee. Jae-Sung, Kim. Dae-Won 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 16 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 2008, Vol.35 No.8 463-478 (16 pages)
본 논문에서는 유전자 사이의 상관계수가 높은 마이크로어레이 데이타에 대하여 제안하는 알고리즘을 통해 상관계수가 낮은 유전자들의 부집합을 만들고, 이에 대해 적합 함수를 통한 평가로 기존 방법론이 가지는 한계를 극복할 수 있도록 하였다. 기존 방법론은 개별 특징의 평가를 통해 중복 특징을 제거하며, 상관계수에 대한 고려가 없어 선택된 유전자 부집합들의 상관계수가 논은 문제가 있었다. 이에 따라 제안하는 알고리즘은 특징간의 관계를 평가하는 Feature Wrapping 기법을 활용하여, 추출된 유전자 부집합에 포함된 유전자... -
OWL 기반 그래픽 바이오 온톨로지 관리 시스템의 설계 및 구현
김기헌, 최재훈, 양재동, 박천수, Kim. Ki-Heon, Choi. Jae-Hun, Yang. Jae-Dong, Park. Cheon-Shu 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 12 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 2005, Vol.32 No.6 461-472 (12 pages)
본 논문에서는 OWL(Web Ontology Language) 기반 그래픽 바이오 온톨로지 관리 시스템을 설계하고 구현하였다 이 시스템은 생물학 용어들 사이의 복잡한 의미 관계들로 구성되는 바이오 온톨로지를 본 논문에서 정의한 그래픽 표기를 이용하여 표현한다. 또한, 시각화된 환경에서 수행되는 상속과 역상 속 메커니즘은 이미 구축된 방대한 용어들 사이의 관계를 시스템이 구조적으로 파악할 수 있게 함으로써, 전문가가 새로 추가되는 용어에 대한 관계를 의미적으로 일관성 있게 반자동으로 구축할 수 있다. 구축된 온톨로지는 기본적으로... -
RDF(S) 모델에 기반한 다양한 형태의 단백질 데이타베이스 통합
이강표, 유상원, 김형주, Lee. Kang-Pyo, Yoo. Sang-Won, Kim. Hyoung-Joo 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 11 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 2008, Vol.35 No.2 132-142 (11 pages)
현재 생물학 분야에는 단백질이라는 동일한 대상에 대해 각기 고유한 의미를 지니고 있는 다양한 형태의 단백질 분석 데이타베이스들이 존재한다. 이렇게 산재되어 있는 이종의 단백질 정보들을 효과적으로 통합한다면 개개의 데이터베이스로부터는 얻을 수 없는 유용한 정보를 도출해낼 수 있다. 생물학 데이타의 특성상 이 각각의 정보들은 자신만의 고유한 형태와 의미를 지니는데, 시맨틱 웹 기술의 표준인 RDF(S) 모델을 이용하여 데이타를 기술하면 형태론적인 통합뿐만 아니라 의미론적인 통합까지 이루어낼 수 있다. 이에 본... -
2 단계 접근법을 통한 통합 마이크로어레이 데이타의 분류기 생성
윤영미, 이종찬, 박상현, Yoon. Young-Mi, Lee. Jong-Chan, Park. Sang-Hyun 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 13 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 2007, Vol.34 No.1 46-58 (13 pages)
마이크로어레이 데이타는 동시에 수 만개 유전자의 발현 값을 포함하고 있기 때문에 질병의 발현 형질 분류에 매우 유용하게 쓰인다. 그러나 동일한 생물학적 주제라 할지라도 여러 독립된 연구 집단에서 생성된 마이크로어레이의 분석결과는 서로 다르게 나타날 수 있다. 이에 대한 주된 이유는 하나의 마이크로어레이 실험에 참여한 샘플의 수가 제한적이기 때문이다. 따라서 개별적으로 수행된 마이크로어레이 데이타를 통합하여 샘플의 수를 늘리는 것은, 보다 정확한 분석을 하는데 있어 매우 중요하다. 본 연구에서는 이에 대한... -
GWB: 유전자 서열 데이터의 관리와 분석을 위한 통합 소프트웨어 시스템
김인철, 진훈, Kim. In-Cheol, Jin. Hoon 한국인터넷정보학회 인터넷정보학회논문지 15 Pages
한국인터넷정보학회 인터넷정보학회논문지 2004, Vol.5 No.5 1-15 (15 pages)
본 논문에서는 효율적인 유전자 서열 데이터의 관리와 분석을 위한 웹 기반의 통합 시스템인 GWB(Gene WorkBench)의 설계와 구현에 대해 설명한다. 유전자 서열을 다루는 기존의 시스템들은 서열 데이터의 관리 기능과 분석 기능을 동시에 지원하는 경우가 드물고, 또한 분석 기능 역시 일부 혹은 단일 분석 기능만을 제공하는 단위 프로그램들이 대부분이다. 또 이러한 분석 프로그램들마저 서로 분산되어 있고 다른 수행환경을 필요로 한다. 따라서 이러한 프로그램들을 함께 이용하기 위해서는 많은 수작업과 변환작업을 필요로 하는... -
RIA 기반 DNA서열 분석도구의 설계 및 구현
김명관, 조충효, Kim. Myung-Gwan, Cho. Choong-Hyo 한국인터넷방송통신학회 한국인터넷방송통신·TV학회논문지 8 Pages
한국인터넷방송통신학회 한국인터넷방송통신·TV학회논문지 2009, Vol.9 No.2 29-36 (8 pages)
생명정보학 분야의 발전에 따라 방대한 양의 DNA서열 데이터를 효율적으로 분석하기 위해 분석도구가 사용되고 있다. 하지만 기존의 분석도구들은 분석하고자 하는 데이터를 찾고, 적용해야 하는 불편함이 있다. 본 논문에서는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 웹2.0기반 RIA(Rich Internet Application) 방식으로 구현한 분석도구를 제안한다. RIA방식을 적용한 분석도구는 기존 웹 방식의 문제점을 보완한 웹2.0기반에서 DNA서열 데이터를 찾고, 실시간으로 분석내용을 보여준다. 개발된 웹 에플리케이션은 윈도우 시스템 상에서... -
유전체 발현의 정보학적 분석과 응용
김주한, Kim. Ju-Han 한국유전체학회 유전체소식 8 Pages
한국유전체학회 유전체소식 2005, Vol.5 No.4 9-16 (8 pages)