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단백체 스펙트럼 데이터의 분류를 위한 랜덤 포리스트 기반 특성 선택 알고리즘
온승엽, 지승도, 한미영, Ohn. Syng-Yup, Chi. Seung-Do, Han. Mi-Young 한국시뮬레이션학회 한국시뮬레이션학회논문지 9 Pages
한국시뮬레이션학회 한국시뮬레이션학회논문지 2013, Vol.22 No.4 139-147 (9 pages)
본 논문에서는 질량 분석 방법에 의하여 산출된 단백체 데이터(mass spectrometric proteomic data)의 분류 분석(classification analysis)을 위한 새로운 특성 선택(feature selection) 방법을 제안한다. 이 방법은 i)높은 상관관계를 가지는 중복된 특성을 효과적으로 제거하는 전처리 단계와 ii)토너먼트(tournament) 전략을 사용하여 최적 특성 부분집합(optimal feature subset)을 탐색해 내는 단계로 구성되어 있다. 제안되는 방법을 실제 암진단에 사용되는 공개된 혈액 단백체 데이터에 적용하였으며 널리 사용되는 타 방법과... -
Genetic Algorithm과 다중부스팅 Classifier를 이용한 암진단 시스템
온승엽, 지승도, Ohn. Syng-Yup, Chi. Seung-Do 한국시뮬레이션학회 한국시뮬레이션학회논문지 9 Pages
한국시뮬레이션학회 한국시뮬레이션학회논문지 2011, Vol.20 No.2 77-85 (9 pages)
의학계에서는 생물정보학(bioinformatics)의 데이터 중 혈청 단백질(proteome)에서 추출한 데이터가 질병의 진단에 관련된 정보를 가지고 있고, 이 데이터를 분류 분석함으로 질병을 조기에 진단 할 수 있다고 믿고 있다. 본 논문에서는 혈청 단백질(2-D PAGE: Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis)로부터 암과 정상을 판별하는 새로운 복합분류기를 제안한다. 새로운 복합 분류기에서는 support vector machine(SVM)와 다층 퍼셉트론(multi-layer perceptron: MLP)와 k-최근 접 이웃(k-nearest neighbor: k-NN)분류기를... -
치매환자에서 transposable elements에 의한 유전자 발현조절의 생물정보 분석
김대수, 허재원, 하홍석, 김태홍, 조운종, 김희수, Kim. Dae-Soo, Huh. Jae-Won, Ha. Hong-Seok, Kim. Tae-Hong, Jo. Un-Jong, Kim. Heui-Soo 한국생명과학회 생명과학회지 7 Pages
한국생명과학회 생명과학회지 2006, Vol.16 No.7 1188-1194 (7 pages)
노년에 나타나는 정신병적 증상의 가장 흔한 원인 질환으로 만성적이고 서서히 악화되는 진행성이면, 기억력, 사고력, 학습능력 및 판단력 등의 손상을 포함한 인지기능의 장애이다. 고령화 사회가 도래하면서 노인성 치매환자가 매년 급격히 늘고 있으며 매년 수만 명이 노인성치매에 걸려 본인뿐 아니라 가족까지도 많은 고통에 시달리고 있다. 특히 노인성 치매의 경우는 환자 본인의 문제가 아니라 젊은 노동력을 환자의 보호자로 필요함으로 국가적 노동력의 손실로 이어지고 있다. 현재 연구에서 우리는 노인성 치매와 transposable... -
그래프 LASSO에서 모형선택기준의 비교
안형석, 박창이, Ahn. Hyeongseok, Park. Changyi 한국데이터정보과학회 한국데이터정보과학회지 11 Pages
한국데이터정보과학회 한국데이터정보과학회지 2014, Vol.25 No.4 881-891 (11 pages)
(bioinformatics)이나 사회관계망 (social network) 등 수많은 변수들이 서로 연결되어 있는 복잡한 확률 시스템에 대한 직관적인 도구로 활용될 수 있다. 그래프 LASSO (graphical least absolute shrinkage and selection operator)는 고차원의 자료에 대한 가우스 그래프 모형 (Gaussian graphical model)의 추정에서 과대적합 (overfitting)을 방지하는데에 효과적인 것으로 알려진 방법이다. 본 논문에서는 그래프 LASSO 추정에서 매우 중요한 문제인 모형선택에 대하여 고려한다. 특히 여러가지 모형선택기준을 모의실험을 통해... -
Web-based DNA Microarray Data Analysis Tool
Ryu. Ki-Hyun, Park. Hee-Chang 한국데이터정보과학회 한국데이터정보과학회지 7 Pages
한국데이터정보과학회 한국데이터정보과학회지 2006, Vol.17 No.4 1161-1167 (7 pages)
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Network-based Microarray Data Analysis Tool
Park. Hee-Chang, Ryu. Ki-Hyun 한국데이터정보과학회 한국데이터정보과학회지 10 Pages
한국데이터정보과학회 한국데이터정보과학회지 2006, Vol.17 No.1 53-62 (10 pages)
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닭 특이 대사 경로 재확립
김운수, 이세영, 박혜선, 백운기, 이준헌, 서성원, Kim. Woon-Su, Lee. Se-Young, Park. Hye-Sun, Baik. Woon-Kee, Lee. Jun-Heon, Seo. Seong-Won 한국가금학회 한국가금학회지 8 Pages
한국가금학회 한국가금학회지 2010, Vol.37 No.3 275-282 (8 pages)
닭의 대사 생리에 대한 연구는 산업적 가치 및 생물학, 의학적으로도 매우 중요하다. 닭의 유전체 염기서열 분석 결과는 2004년에 처음 발표되었고, 이러한 유전체 정보를 바탕으로 유전형과 표현형의 상관관계를 분석하는 연구가 필요하다. 따라서 본 연구는 닭 유전체 정보를 바탕으로 대사 경로를 재확립하고, 닭 특이 대사 경로 유전체 데이터베이스를 구축하였다. 이를 위해 Perl 언어를 기반으로 개발된 자동 파이프라인(pipeline)을 이용하여 여러 생물정보 데이터베이스에 산재해 있는 닭 유전체에 관한 정보를 통합한 닭 특이...