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남조세균 흔들말목(Cyanobacteria, Oscillatoriales) 해양 균주의 16S rRNA와 rpoB 유전자 변이
천주용, 이민아, 기장서, Cheon. Ju-Yong, Lee. Min-Ah, Ki. Jang-Seu 한국미생물학회 미생물학회지 6 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2012, Vol.48 No.4 319-324 (6 pages)
및 RNA polymerase beta subunit(rpoB) 유전자를 대상으로 염기서열 변이 및 분자계통학적 특성을 분석한 것이다. 흔들말목 rpoB 유전자는 16S rRNA보다 유전자 변이(유전거리: rpoB=0.270, 16S=0.109)가 큰 것으로 조사되었으며, 통계적으로 유의한 차이를 보였다(Student t-test, p<0.001). 흔들말목 16S rRNA와 rpoB의 계통분석에서 유사한 계통 분지형태를 보였으며, rpoB 유전자가 높은 해상도를 갖고 있어 흔들말목 분류군을 더 명확하게 구분하였다. 또한, parsimony 분석을 통해 rpoB 유전자가 16S rRNA 보다 2.40배 빠르게... -
유해 남조세균 Microcystis aeruginosa의 16S rRNA 및 rpoB 유전자 염기서열 변이 분석
기장서, Ki. Jang-Seu 한국미생물학회 미생물학회지 7 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2010, Vol.46 No.3 296-302 (7 pages)
간 독소를 분비한다. 따라서 담수 수질관리 및 보건위생 측면에서 이들에 대한 관리가 필요하다. 본 연구는 Microcystis 분자 검출을 위한 신규 마커로 RNA polymerase beta subunit (rpoB) 유전자 염기서열을 분석하여 이들의 분자적 특성을 규명하였다. Microcystis rpoB 유전자는 16S rRNA보다 염기 유사도와 유전거리에서 큰 변이가 있는 것으로 조사되었으며, 통계적으로 유의한 차이를 보였다(Student t-test, p<0.05). Parsimony 분석을 통해 rpoB 유전자가 16S rRNA 유전자보다 2배 이상 빠르게 진화하는 것으로 파악되었다.... -
배양세포에서 Semi-quantitative RT-PCR에 의한 조류인플루엔자 H9N2의 전사활성 분석 최적 시기 결정 및 전사체 분석
나기윤, 이영민, 변승준, 전익수, 박종현, 조인수, 주이석, 이윤정, 권준헌, 구용범, Na. Gi-Youn, Lee. Young-Min, Byun. Sung-June, Jeon. Ik-Soo, Park. Jong-Hyeon, Cho. In-Soo, Joo 한국미생물학회 미생물학회지 5 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2009, Vol.45 No.3 286-290 (5 pages)
그 속에 포함된 mouse의 GAPDH를 RNA를 역전사 반응 및 PCR의 내부 대조 RNA로 사용하였다. 그 결과 감염 후 방출까지 16~20시간이 소요됨을 알 수 있었다. 따라서 감염 후 12시간 후에 세포 내에서 합성된 8종의 전사체의 수준을 측정하였다. 8종의 mRNA 중 PA를 제외한 7종의 mRNA (HA, NA, PB1, PB2, NP, M, NS를 암호화하는 mRNA)는 뚜렷한 증폭 band를 보였으며, 이것은 이들이 전사활성 측정에 사용될 수 있는 것으로 나타났다. 이상과 같은 전사수준의 측정 방법은 조류인플루엔자 바이러스의 RNA polymerase를 표적으로 한... -
바이러스 핵산중합효소의 아미노산 서열에 의한 바이러스 분류
남지현, 이동훈, 이건명, 이찬희, Nam. Ji-Hyun, Lee. Dong-Hun, Lee. Keon-Myung, Lee. Chan-Hee 한국미생물학회 미생물학회지 7 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2007, Vol.43 No.4 285-291 (7 pages)
핵산중합효소와의 관계를 아미노산 서열을 통해 분자 계통분류학적 분석을 통해 알아보고자 하였다. NCBI GenBank에서 얻은 바이러스 중합효소의 아미노산 서열을 CLUSTAL X 프로그램으로 다중서열하고, Neighbor-joining, Maximum-likelihood, Bayesian의 세 가지 방법으로 계통도를 그려보았다. 미세한 차이는 있었으나, 세 가지 방법 모두에서 볼티모어의 분류법과 일치하는 결과를 보였고, 특이하게도 두 가닥 RNA 바이러스는 숙주의 종류에 따라, (-)RNA 바이러스는 게놈의 절편화에 따라 각각2개의 소집단으로 나뉘어지는 것을 볼 수... -
Corynebacterium glutamicum의 sigH 유전자의 분리 및 기능분석
김태현, 김형준, 박준성, 김연희, 이흥식, Kim. Tae-Hyun, Kim. Hyung-Joon, Park. Joon-Sung, Kim. Younhee, Lee. Heung-Shick 한국미생물학회 미생물학회지 6 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2005, Vol.41 No.2 99-104 (6 pages)
ORF1은 206아미노산으로 구성된 23,218 Dalton의 단백질을 발현하는 것으로 여겨졌고, 유사성 분석결과 ECF-type에 해당되는 RNA polymerase의 sigma factor를 암호화하는 것으로 보여 sigH로 명명하였다. 유전자 sigH의 기능을 밝히기 위해 gene disruption technique을 이용하여 sigH 유전자가 기능을 하지 못하는 돌연변이 균을 제작하였으며 이 균주는 야생형에 비해 성장속도가 저하됨을 관찰하였다. 또한 변이균은 oxidative stress를유발하는 pumbagin둥에 대해서도 민감성을 나타내었다. 이들 결과는, 유사성 분석결과에서도 볼... -
Bovine Vira1 Diarrhea Virus를 이용한 포유동물세포 발현벡터의 개발
한국미생물학회 미생물학회지 2002, Vol.38 No.2 86-95 (10 pages)
puromycin acetyltransferase (pac) 유전자를 삽입하여 recombinant full-length infectious CDNA clone을 합성하였다. 합성된 recombinant CDNA clone을 주형으로 T7 RNA polymerase를 사용하여 in vitro transcribed full-length viral RNA를 합성하였다. 합성된 viral RNA의 자가복제 여부는 MDBK세포에 transfection시킨 후, $^{32}P$ 로 metabolically label함으로써 확인하였다. 또한, transfection된 세포에서의 바이러스 단백질 발현여부는 바이러스에 특이적으로 반응하는 anti-NS3 단클론항체를 사용하여 분석하였다. 또한,... -
Human T-cell Leukemia Virus Type I (HTLV-I) 의 Gag-Pro Transframe 단백질 정제를 위한 재조합 DNA 의 제작
한국미생물학회 미생물학회지 1992, Vol.30 No.6 466-471 (6 pages)
DNA 클론을 주형으로 SP6 RNA polymerase 의 작용에 의해 한종류의 mRNA 를 다량으로 합성하였다. Invitro 에서 합성된 mRNA 로 무세포계에서 단백질을 합성한 결과 21 kDal 의 단백질이 생성되었고 IgG-Sepharose 를 사용한 affinity chromatography 로 합성된 단백질을 순수하게 정제할 수 있었다. 본연구에서 설명한 in vitro 실험계는 Gag-Pro transframe 단백질의 신속한 정제 및 일차구조의 결정에 유익하게 사용될 것으로 보이며 이와 같은 실험의 결과 mRNA 에서 ribosomal frameshifting 이 일어나는 정확한 site 를 결정할 수... -
Chlorella 세포에서 분리한 엽록체의 핵산합성에 미치는 rifampicin의 영향
이종삼, 정희숙 한국미생물학회 미생물학회지 12 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 1986, Vol.24 No.3 276-287 (12 pages)
M4N 배지에 7일간 배양하였다. 배양기간 동안에 일정량 세포를 수확하여 생장율을 측정하였다. 이들 세포에서 분리된 엽록체로 부터 핵산과 RNA polymerase를 추출하여 함량을 염기별로, 분석, 활성도를 측정하여 핵산 합성에 비치는 rifampicin의 효과를 대조구와 비교하며 분석하였다. 생장 억제 효과를 나타내는rifampicin의 농도는 80ppm 이였다. Whole cell system과 분리한 엽록체에서의 DNA함량은 대조구에 비해 각각 70%, 60%의 감소를 나타내였다. Rifampicin은 RNA 염기 함양도 whole cell system에서는 46% 억제되었고 분리한...