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Comparative Genome Analysis Reveals Natural Variations in the Genomes of Erwinia pyrifoliae, a Black Shoot Blight Pathogen in Apple and Pear
Gyu Min Lee, Seyoung Ko, Eom-Ji Oh, Yu-Rim Song, Donghyuk Kim, Chang-Sik Oh 한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal 12 Pages
한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal 2020, 36권 5호 5 428-439 (12 pages)
Erwinia pyrifoliae is a Gram-negative bacterial plant pathogen that causes black shoot blight in apple and pear. Although earlier studies reported the genome comparison of Erwinia species, E. pyrifoliae strains for such analysis were isolated in 1996. In 2014, the strain E. pyrifoliae EpK1/15 was newly isolated in the apple tree showing black shoot blight in South Korea. This study aimed to better understand the similarities and differences caused by natural variations at the genomic level... -
Identification of Differentially Expressed Genes by cDNA-AFLP in Magnaporthe oryzae
Myoung-Hwan Chi, Sook-Young Park 한국식물병리학회 식물병연구 8 Pages
한국식물병리학회 식물병연구 2019, 25권 4호 7 205-212 (8 pages)
Analysis of differentially expressed genes has assisted discovery of gene sets involved in particular biological processes. The purpose of this study was to identify genes involved in appressorium formation in the rice blast fungus Magnaporthe oryzae via analysis of cDNA–amplified fragment length polymorphisms. Amplification of appressorial and vegetative mycelial cDNAs using 28 primer combinations generated over 200 differentially expressed transcript-derived fragments (TDFs). TDFs were... -
다종의 유전체로부터 탐지된 Ortholog 군집에 대한 분석
김선신, 오정수, 이범주, 김태경, 정광수, 이충세, 김영창, 조완섭, 류근호, Kim. Sun-Shin, Oh. Jeong-Su, Lee. Bum-Ju, Kim. Tae-Kyung, Jung. Kwang-Su, Rhee. Chung-Sei, Kim. Yo 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 7 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 2008, Vol.35 No.2 125-131 (7 pages)
두 종의 결과를 생성하는 InParanoid를 여러 종으로 확장하고 이와 동일한 질을 가진 결과를 산출한다. 한편, 새롭게 서열이 밝혀진 유전자의 기능을 보다 정확히 예측하기 위해, 패럴로그(Paralog)가 가급적 적게 포함되는 올소로그 클러스터를 구축하는 것이 중요한 문제가 될 수 있다. 이 논문에서, 우리는 임계값을 사용하여 보다 순수한 올소로그 클러스터를 구축하는 방법에 대하여 조사하였다 우리는 20개의 원핵생물의 데이타셋으로부터 올소로그 클러스터를 구축하였다. 우리의 올소로그 클러스터를 COG(Clusters of Orthologous...
