고추에 발생하는 병해는 우리나라에 18여종이 있다. 그중에서 가장 중요한 병해는 두말할 나위없이 역병과 탄저병일 것이다. 세균성점무늬병(반점세균병)과 바이러스병(모자이크병, 괴저병)도 문제가 되고 있으나 앞의 두 병해에 비하면 발생도 국부적이고 피해도 훨씬 가볍다고 할 수 있다. 이 네가지 병해는 우리나라 고추 주산단지의 연작 장해현상과 밀접한 관련을 가지며 연작에 의하여 발병이 심화되는 대표적인 병해다. 이밖에도 고추에는 잿빛곰팡이병, 균핵병, 흰가루병등의 공기전염성 병해들이 시설재배지의 특수환경과 관련하여 점차 발생이 늘어나는 추세에 있다. 여기에서는 고추에서 가장 문제가 되고 있고 농민들이 방제에 큰 어려움을 겪고 있는 역병과 탄저병에 대하여 그 효과적인 방제대책을 알아본다.