과학과 형이상학은 포퍼에게서는 분명히 구별된다. 그럼에도 불구하고 전형적인 형이상학적 이론인 실재론, 비결정론, 출현이론은 과학 활동의 전제 조건으로 수용된다 하지만 폴라니에게서는 과학과 형이상학이 서로 다른 차원으로 분리되지 않는다. 형이상학적 믿음은 과학 자체의 구조를 이루고 있다. 과학은 형이상학적 개념이라 할 수 있는 진리, 선, 미, 정의 등의 본질적 가치에 따라 현실의 드러냄을 목적으로 삼는 인간의 통합적 행위이다. 다라서 폴라니에게 형이상학은 두 가지의 차원을 갖는다. 한편으로 형이상학에는 주관적인 차원이 있다. 도덕적 태도, 지적 열정, 이론의 미적 차원에 대한 감각, 종교적 관점 등 주체로서의 인간의 자기 이해와 관련된 차원이 있다. 진리에 대한 열정과 현실의 의미 추구를 자신의 과학적 활동의 본질적 부분으로 볼 수 있는 과학자는 바로 그 자체는 하나의 훌륭한 형이상학자가 되는 것이다.