여타의 재원이 매우 경직되어 있는 우리 대학의 재정구조에서 납입금 책정 문제는 대단히 중요하다. 이 문제는 단순히 대학 교육비 총액과 추가소요교육비를 추정하여 이 중에서 납입금 부담분만을 산출해 내는 것만으로 끝나지 않는다. 여기에는 대학재정 전반은 물론 대학교육 및 그를 둘러싸고 있는 사회 전반이 관련되어 있다. 대학납입금의 적정 인상률은 물가 상승률이나 인건지 인상률, 각종 교육여건의 개선계획, 다른 재원의 확보가능성은 물론, 여론이나 학생들의 반발, 정부의 물가정책, 학부모 부담능력 등을 고려하여 결정된다. 개별대학들은 이러한 점을 충분히 인식하고 자체적인 교육비 분석, 대학재정 운영의 투명성 확보, 인근대학과의 협력, 대학납입금 예고제의 활용 등을 통하여 합리적이고 적정한 납입금을 책정할 수 있다.