본 연구에서는 고추장의 품질향상과 전통고추장과 유사한 관능적 요인을 갖는 고추장을 제조하기 위해 찹쌀고추장으로 유명한 전라북도 순창지방의 고추장을 모델로 설정하여 순창 현지의 미생물, 기후 등의 자연환경을 반영한 메주를 0, 20, 40, 60일 발효한 후 고추장을 제조하여 발효기간을 달리한 메주가 고추장 숙성 중 미생물과 효소력에 미치는 영향을 조사하였다. 세균은 모든 시험구에서 숙성 30일에 최대균수를 보였으며, 곰팡이는 0, 20일 발효 메주로 제조한 고추장에서는 지속적으로 감소하다가 숙성 60일 경에는 발견되지 않았으며, 40, 60일 발효 메주를 이용하여 제조한 고추장은 숙성 초기 $10^5$의 생균수를 나타냈으나 숙성 60일 까지 급격히 감소한 후 $10^2$의 일정한 수준을 유지하였다. 한편 효모는 0, 20일 발효 메주고추장에서는 숙성 전기간 통안 발견되지 않았으며, 40, 60일 발효 메주고추장에서는 숙성 15일부터 발견되기 시작한 후 계속 감소하였다. 0, 20일 발효 메주를 이용한 고추장의 경우 모든 amylase역가가 숙성초기부터 계속적으로 감소하였으나 40, 60일 발효 메주를 이용한 고추장에서는 ${alpha}-amylase$의 경우 숙성 15일에 각각 115.83, 113.85 unit/g 으로 최대 역가를 보였으며, ${eta}-amylase$는 숙성 30일경에 각각 7.37, 6.57 unit/g으로 최대 역가를 보였다. glucoamylase는 40일 발효 메주고추장의 경우 숙성 초기 4.78 unit/g에서 숙성 45일의 2.23 unit/g까지 53.33%가량 감소하다가 다시 증가하여 숙성 90일경 에는 2.49 unit/g의 역가를 보였다. 산성 protease는 숙성 30일경에 모든 고추장에서 최대값을 보였으나, 중성 protease는 숙성 15일 경에 최대값을 보였다. 즉 모든 amylase, protease의 역가는 40일 발효 메주고추장에서 가장 높은 값을 나타냈다.