기업간 전자상거래 툴에 대해 한마디로 언급하자면 시스템 통합의 정도가 문제점으로 존재한다는 것이다. 즉 시중에서 구입하고 설치한 뒤 바로 사용할 수있는 제품은 많지만 그 제품에서 운영되는 각종 애플리케이션의 개발, 기존 시스템과의 통합연동, 꾸준한 유지관리와 업그레이드를 지원하는 툴은 흔치 않다. 따라서 이 글에서는 기업간 전자상거래의 3가지 모델과 각 모델에 적합한 전자상거래 툴의 연관성에 대해 살펴본다.