웹의 등장은 보안이라는 문제를 더욱 중요하게 부각시켰다. 특히 데이터웨어하우스처럼 핵심적인 대규모의 시스템 환경에 있어서의 보안의 거의 기업의 사활과 직결된다고 볼 수 있다. 고급수준의 제어 기능을 지원하는 보안환경은 이제 필수적인 요소이다. 보안 문제는 다이나믹하고도 지속적으로 변화되고 있다. 따라서 데이터웨어하우스 보안 관리자는 프로세스를 계속해서 관리해야 한다. 훌륭한 보안 프로그램은 사용자에게 보안의 중요성을 지속적으로 알리고 동기를 부여해야 하며, 지속적인 업데이트가 가능해야 한다. 외부 침입에 대비하기 위해 시스템 전체를 지속적으로 스캔하는 것도 필수적이다.