일반적으로 지하수환경은 세균의 수가 적기 때문에 세균의 핵산을 추출하기 위해서는 지하수 시료의 여과를 통하여 대량의 세균을 획득하는 것이 우선적으로 요구되어왔다. 그러나 이러한 여과법은 많은 시간과 인력의 낭비 뿐만 아니라 실험 과정의 특수성으로 인하여 오염의 위험성이 높다. 따라서 본 논문에서는 구아니딘 열탕법을 이용하여 소량의 지하수 시료로부터 핵산증폭실험에 적용할 수 있는 충분한 양의 핵산의 추출을 시도하였다. 지하수 시료는 서울시 내의 질소화합물 요염지역, 오염 예상지역, 청정지역으로 구분하여 각각 2개의 정점을 선별하여 총 6개의 정점으로부터 채수하였다. 구아니딘 열탕법을 이용하여 얻은 핵산으로 지하수에서 탈질화세균의 존재 여부를 검정한 결과 청정지역을 제외한 4개의 정점에서 탈질화 세균의 존재를 확인하였다.
Groundwater samples were collected at 6 sites in Seoul area. DNA extraction from the sample was performed by the boiling method. Samples were boiled with guanidinium thyocyanate and phenol-chloroform. One set of primer was designed for amplification of 16S rDNA. For detection of denitrifying bacteria in groundwater sample, the author used primer sets consensus regions in gene sequences encoding the two forms of nitrite reductase (NIR), a key enzyme in the denitrification pathway. Two sets of PCR primer were designed to amplify $cd_1$-and Cu-nir. We confirmed the existence of denitrifying bacteria in 3 sites using $cd_1$-nir primer and in 4 sites using Cu-nir primer.
