식품과 사료에서 곰팡이독소 오염은 세계적으로 중요한 문제이다. 곰팡이독소는 곰팡이의 이차대사산물로서 인축중독증을 야기하며 경제적인 손실을 초래한다. Aflatoxin, ergot alkaloid, fumonisin, ochratoxin, tremorgenic toxin, trichothecene 및 zearalenone 등이 식품과 사료에서 흘러 발생하는 곰팡이독소이다. 어떤 곰팡이는 하나 이상의 곰팡이독소를 생산하고, 또 어떤 곰팡이독소는 여러 종의 곰팡이에서 생성되기 때문에 여러 곰팡이독소가 함께 발견된다. 곰팡이독소의 발생에 영향을 끼치는 요인으로는 인위적으로 조절할 수 있는 보관과 환경적 조건도 포함된다. 기후와 같은 비본질적인 요인, 진균류의 계통 특이성 및 계통 변이와 같은 본질적인 요인 및 독소발생의 불안정성은 조절하기 어렵다. 곰팡이독소는 한 종의 동물에 있어서의 감수성과 종에 의존하며 인간에게 갖가지의 만성적 또는 급성적인 영향을 미친다. 그러나 반추동물은 곰팡이독소에 저항력을 가지고 있으며, 이는 반추동물의 위에 존재하는 미생물들이 곰팡이독소의 활성을 억제할 수 있기 때문이다. 곰팡이독소 피해의 경제적인 파급효과는 인축의 수명 단축, 축산물 생산감소, 오염된 식량과 사료의 처리 및 곰팡이독소의 문제점 해결을 위한 연구비용 등을 포함한다. 곰팡이독소 피해감소를 위한 국제적인 노력이 계속 진행되고 있지만 최근에 World Trade Organization이 발효되면서 동 식물이 지역간 자유로운 이동으로 곰팡이독소 피해 경감대책뿐만 아니라 피해측정이 어려워지고 있다.