지문 정보 등의 생체 정보를 이용하는 생체 기술은 컴퓨터 시스템의 로그인, 출입 ID, 전자상거래 보안 등의 여러 서비스에서 사용자의 안전한 인증을 위해 널리 사용되고 있다. 근래에 이르러, 생체 기술은 비밀 번호와 같은 기존의 개인 인증 방법에 비해 안전하면서도 자동화를 가져올 수 있다는 장점으로 인해 보안 토큰, 스마트 카드와 같은 소형의 임베디드 시스템에 탑재되고 이용되는 추세이다. 본 논문에서는 보안 토큰을 이용한 생체 인식 기술의 시장 동향을 살펴보고 임베디드 시스템의 형태인 보안 토큰 시스템을 개발하고 시험한 결과를 기술하였다. 보안 토큰과 호스트와의 통신은 USB를 이용하여 시험 및 검증하였으며 보안 토큰 상에서의 지문 정합 프로그램의 성능 측정 및 개선에 대해 기술하였다. 나아가, 보안 토큰에서 매치 온 카드(match-on-card)로의 전이를 위해 필요한 내용을 언급하였다.