- 부분서열정렬 개선 기법을 사용한 효율적인 복수서열정렬에 관한 알고리즘
- ㆍ 저자명
- 김진,정우철,엄상용
- ㆍ 간행물명
- 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용
- ㆍ 권/호정보
- 2003년|30권 9호|pp.803-811 (9 pages)
- ㆍ 발행정보
- 한국정보과학회
- ㆍ 파일정보
- 정기간행물| PDF텍스트
- ㆍ 주제분야
- 기타
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단백질들의 복수서열정렬은 단백질 서열간의 관계를 유추할 수 있는 유용한 도구이다. 최적화된 복수서열정렬을 얻기 위해 사용되는 가장 유용한 방법은 dynamic programming이다. 그러나 dynamic programming은 특정한 비용함수를 사용할 수 없기 때문에 특별한 경우 최소의 비용을 가지는 복수서열 정렬을 제공하지 못하는 문제점이 있다. 우리는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 부분서열정렬 개선기법을 사용한 알고리즘을 제안하였으며, 이 알고리즘이 dynamic programming의 문제점을 효과적으로 해결함을 보였다.
Multiple sequence alignment is a useful tool to identify the relationships among protein sequences. Dynamic programming is the most widely used algorithm to obtain multiple sequence alignment with optimal cost. However, dynamic programming cannot be applied to certain cost function due to its drawback and cannot be used to produce optimal multiple sequence alignment. We propose sub-alignment refinement algorithm to overcome the problem of dynamic programming. Also we show proposed algorithm can solve the problem of dynamic programming efficiently.