폐렴은 아주 다양한 원인으로 생긴다. 그 중 세균, 곰팡이, 바이러스, 기생충과 같은 미생물이 폐렴을 일으키는 일이 흔하다. 폐렴을 일으키는 미생물이 100여 가지가 넘지만 폐렴을 가장 흔히 일으키는 것은 세균이다. 세균 중에서도 폐렴사슬알균은 폐렴의 가장 흔한 원인이다. 그 외에도 유기용제, 구토물 등이 폐에 들어가 폐렴을 일으키기도 한다.