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Dimerization of Fibril-forming Segments of α-Synuclein
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  • Dimerization of Fibril-forming Segments of α-Synuclein
  • Dimerization of Fibril-forming Segments of α-Synuclein
저자명
Yoon. Je-Seong,Jang. Soon-Min,Lee. Kyung-Hee,Shin. Seok-Min
간행물명
Bulletin of the Korean Chemical Society
권/호정보
2009년|30권 8호|pp.1845-1850 (6 pages)
발행정보
대한화학회
파일정보
정기간행물|ENG|
PDF텍스트
주제분야
기타
이 논문은 한국과학기술정보연구원과 논문 연계를 통해 무료로 제공되는 원문입니다.
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기타언어초록

We have performed replica-exchange molecular dynamics (REMD) simulations on the dimer formation of fibrilforming segments of $alpha$-Synuclein (residues 71 - 82) using implicit solvation models with two kinds of force fields- AMBER parm99SB and parm96. We observed spontaneous formation of dimers from the extensive simulations, demonstrating the self-aggregating and fibril forming properties of the peptides. Secondary structure profile and clustering analysis showed that dimers with antiparallel $eta$-sheet conformations, stabilized by well-defined hydrogen boding, are major species corresponding to global free energy minimum. Parallel dimers with partial $eta$-sheets are found to be off-pathway intermediates. The relative instability of the parallel arrangements is due to the repulsive interactions between bulky and polar side chains as well as weaker backbone hydrogen bonds.