시설재배에 있어 재배작형 및 육종방법의 다양화와 새로운 병해, 연작에 따른 토양병해 농약의 과용과 연용으로 인한 약제내성균 출현 등 많은 문제점이 발생하고 있다. 특히 토양병해는 연작연수가 증가할수록 병원균의 증가와 축적을 조정하여 연중 문제가 되고 큰 피해를 입을 수 있다. 병 발생 전에 식물체를 건강하게 재배하기 위한 환경조건을 잘 조절하여 예방차원에서 합리적인 시설환경관리와 각종 작물병해에 등록되어 있는 농약을 선택한 후 안전사용기준을 준수하는 것이 병해관리의 기본이다.