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mRNA 리드 시퀀스 데이터를 이용한 선택 스플라이싱 유형 분석
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  • mRNA 리드 시퀀스 데이터를 이용한 선택 스플라이싱 유형 분석
저자명
공진화,윤지희,이은주,이종근,원정임,Kong. Jin-Hwa,Yoon. Jee-Hee,Lee. Un-Joo,Lee. Jong-Keun,Won. Jung-Im
간행물명
정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스
권/호정보
2011년|38권 6호|pp.351-358 (8 pages)
발행정보
한국정보과학회
파일정보
정기간행물|
PDF텍스트
주제분야
기타
이 논문은 한국과학기술정보연구원과 논문 연계를 통해 무료로 제공되는 원문입니다.
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기타언어초록

선택 스플라이싱은 단백질 생성 과정의 핵심 메카니즘으로서, DNA 조각들이 mRNA(messenger RNA)로 전사될 때 유전자의 엑손 영역들이 여러 가지 유형으로 다시 연결되는 과정을 말한다. 선택 스플 라이싱의 유형은 현재 7가지가 알려져 있으며, 이들 유형은 인간의 질병과 매우 밀접한 관련을 가지고 있다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 기술로 생성된 mRNA 리드 시퀀스 데이터로부터 각 유전자 영역에 대한 선택 스플라이싱 유형을 분류/추출하는 새로운 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘에서는 mRNA 리드 시퀀스 데이터를 DNA 시퀀스와 mRNA 트랜스크립트 시퀀스에 동시 매핑하고, 각 엑손 영역에 정렬된 mRNA 리드 시퀀스 데이터의 커버리지 정보 및 엑손의 접합 정보를 이용하여 발현된 트랜스크립트의 종류와 양을 측정한다. 알고리즘의 유효성을 입증하기 위하여 시뮬레이션 데이터를 이용한 실험을 수행하였으며, 실험 결과에 의하여 제안된 방식이 발현된 선택 스플라이싱 유형과 양을 매우 효율적으로 추출함을 보인다.

기타언어초록

Alternative splicing is a main source of generating a highly dynamic human proteome. It enables exons of genes to recombine in different ways when a segment of DNA is transcribed into messenger RNAs (mRNAs). There are seven patterns of alternative splicing which are known as typical ways in human genes. Alternative splicing has been found to be associated with many human diseases. This work proposes a novel method to identify alternative splicing patterns and analyze the distribution variations in a given gene expression process from mRNA read sequence data generated by next-generation sequencing (NGS) technology. The proposed method is based on parallel mapping of mRNA read sequence data to both genomic and transcriptomic reference sequences, and analyzes the mRNA read sequence data coverage and junctions spanning two exons. The preliminary results conducted with simulated data showed the prominent efficiency in identifying and quantifying events of alternative splicing.