본 연구는 서울지역에서 유통되는 식품원료 약용식물을 대상으로 식품공전의 다종농약다성분시험법에 의하여 100종 농약을 분석하였다. 사용부위(뿌리 82건, 과일 113건, 피층 29건, 전초 10건, 종자 18건)와 원산지(국산 201건, 수입 60건)로 구분하여 총 30종 261건 시료를 분석하였다. 원산지별 농약 검출율은 국산 20.9%, 수입 13.3%로 국산의 농약 검출율이 높았다. 전체 시료 261건 중 농약 검출율은 19.2%이며, 과일, 뿌리 시료에서만 농약이 검출되었고, 잔류허용기준을 초과한 시료는 대추와 천궁 1건씩 이였다. 과일시료의 농약 검출율은 39.8%였고, 농약검출 품목은 대추, 구기자, 복분자, 산수유, 오미자, 귤피였다. 뿌리시료의 농약 검출율은 6.1%였고, 농약 검출 품목은 천궁, 감초, 황기였다. 검출된 농약은 모두 17종으로 과일에서 15종, 뿌리에서 7종 농약이 82회 검출되었다. 검출빈도가 높은 농약은 cypermethrin, chlorpyrifos, cyhalothrin, fenvalerate, bifenthrin 순이였다. 농약이 검출된 시료 중 50%이상이 2종 이상 농약이 동시에 검출되었다. 따라서 식품원료 약용식물 중 국산 과일, 뿌리의 농약 검출율이 높고, 검출 농약의 종류가 다양해지고 있어 지속적인 모니터링과 안전관리가 요구된다.