2016년에 들어서면서 누리과정 예산을 두고 일부 교육감과 교육부장관 간의 정 치적 논쟁과 갈등이 있었다. 교육감들은 누리예산 편성이 법령상 국가가 비용 부 담을 해야 한다고 주장하고, 국가는 이미 시도교육청 예산에 편성되어 있다고 주 장 하였다. 그 사이 보육대란의 위기를 초래하였고 끝내 정부의 긴급 예산 지원으 로 이 갈등은 잠시 봉합된 듯 보였다. 하지만 최근 여소야대의 정국에서 국가는 내년도 누리과정 예산을 특별계정으로 편성하려고 하자 야당의 반대에 직면하고 있다.