최근 국립대학의 경우 총장 직선제 폐지 여부가 초미의 관심이 되고 있다. 지난 7월 1일에 교과부장관 자문기구인 대학구조개혁위원회를 설치하였고, 이 조직을 통해 9월 5일에 정부재정지원 제한 사립대학 43개교와 학자금 대출제한 사립대학 17개교의 명단을 발표하였으며, 그리고 9월 23일에는 5개 국립대학을 부실대학으로 선정하여 명단을 발표한 바 있다.