본 연구는 초등학교 과학수업에서의 WISE(Web-based Inquiry Science Environment) 활용효과 분석을 위해 선행연구에서 규명된 사전지식, 인지실재감, 과학탐구능력, 과학성취도 네 변인들 간의 구조관계를 실험집단과 통제집단으로 나누어 비교하였다. 연구대상은 서울에 위치한 A 초등학교 6학년 228명이었으며, WISE를 활용하여 과학수업을 진행한 실험집단에 110명, 기존의 과학수업 형식으로 진행한 통제집단에 118명이 배정되었다. 두 집단 비교는 타당도와 신뢰도가 확보된 측정도구에 의해 수집된 자료를 공분산분석과 다집단 구조모형 분석을 통해 이루어졌으며 연구결과는 다음과 같다. 첫째, 사전지식을 통제한 공분산분석 결과 과학성취도에서는 실험집단의 평균(M=32.63)이 통제집단(M=30.05)보다 유의미하게 높은 것으로 분석되었으나, 과학탐구능력에서는 두 집단이 유의미한 차이를 보이지 않은 것으로 조사되었다. 두 집단의 구조모형 경로계수 비교에서는 사전지식이 인지실재감을 예측하는 경로가 실험집단에서만 유의미하게 나타났다. 이는 WISE를 활용한 과학탐구학습에서 학습자의 사전지식은 인지실재감을 높이고, 나아가 학습 성과를 유의미하게 예측할 수 있다는 의미로 학습자의 사전지식이 WISE 활용에서는 중요하게 고려되어야 할 변인임을 시사하고 있다.