Cathepsin $B_1$은 기질로써 $alpha$-N-benzoyl-DL-arginine-2-naphthylamide가 사용될 때 pH-의존적으로 chloraquine에 의해 활성이 저해되었다. 1 mM chlaroquine은 pH 5, 6, 7에서 각각 이 효소의 활성도를 약 15, 30, 50%까지 저해하였다. 따라서 chloraquine의 저해도는 증가되는 완충액의 pH에 따라 비례적으로 증가함을 보인다. 이러한 chloroquine에 의한 pH-의존적인 저해성은 preincubatian이나 투석법 실험 그리고 활동도 분석에 의해 알 수 있는 것 같이 pH가 높아짐에 따라 cathepsin $B_1$에 대한 chlaroquine의 증가되는 친화력에 기인된다고 여겨진다. 그러므로 chloroquine은 lysosome내의 pH를 증가시킴으로 산성단백질 분해효소를 비활성화 시킬 뿐만 아니라 lysosome내의 주요한 단백질 분해효소 중의 하나인 cathepsin $B_1$을 직접적으로 저해시키기 때문에 세포 내부의 단백질 분해에 손상을 입힌다고 사료된다.
Cathepsin $B_1$ was shown to be inhibited by chloroquine in a pH-dependent manner when $alpha$-N-benzoyl-DL-arginine-2-naphthylamide was used as substrate. Chloroquine at 1 mM inhibited the naphthylamidase activity of the enzyme by about 15, 30 and 50% at pH of 5, 6 and 7, respectively, and therefore its inhibitory activity seemed to be increasing with increased buffer pH. Such a pH -dependent inhibition by chloroquine appeared to be due to the increased affinity of the compound to cathepsin $B_1$ at higher pH, as shown by the preincubation and dialysis experiments and by kinetic analysis. Thus, chloroquine is likely to impair the intracellular protein breakdown by directly inhibiting one of the major lysosomal proteinases, cathepsin $B_1$, in addition to by raising the intralysosomal pH thereby inactivating the acid proteinases in lysosomes.
