파아지 SP6 전사촉진제의 전사 개시 위치 부근에 다양한 염기열을 가지고 있는 돌연변이들의 전사 개시 위치를 결정하였다. 특정 누클레오티드가 제한된 생체외의 전사반응 조건에서 파아지 SP6 RNA 중합효소의 염기 특이적인 멈춤에 의하여 전사가 중단된 RNA들의 정확한 크기를 재어 각 돌연변이의 전사 개시 위치를 결정하였다. -4부터 -1 위치의 TATA 염기열을 포함하는 전사촉진제 윗 부분의 염기서열은 바뀌지 않고 +1 G가 C 또는 A로 바뀌었을때, 전사 개시는 아랫 부분의 염기 서열에 관계없이 여전히 +1 위치에서만 이루어졌다. 그러므로, 파아지 SP6 RNA 중합효소는 직접 결합하는 전사촉진제 윗 부분으로부터 정확히 일정한 거리에 있는 위치에서 첫 누클레오티드의 종류에 관계없이 전사를 개시한다고 여겨진다. 그러나, -4로부터 +1 사이의 염기서열이 TATCC인 돌연변이의 경우는 -1 C와 +1 C의 두 위치에서 전사개시가 이루어졌다. 이 천사개시 위치의 이동은 염기서열에 따른 DNA구조변화 (D 형이 B 형으로 변화) 때문이라 보인다.
The transcription initiation sites of the mutants containing various sequences around the initiation site of phage SP6 promoter were determined. Precise sizing of the abortive elongation product RNAs from the nucleotide-specific pausings of the phage SP6 RNA polymerase under nucleotide-limiting conditions determined the initiation site of each mutant. When the wild-type +1 G is changed to C or A without change in the upstream sequence including TAT A from -4 to -1, it still starts only at the +1 site. Therefore, it seems that the phage SP6 RNA polymerase selects the initiation site precisely at a certain distance from a direct contact point in the upstream promoter sequence, regardless of the species of initiating nucleotide. But, the mutant containing TATCC from -4 to +1 starts transcription at both positions -1 C and +1 C. This shift of the initiation site seems to be caused by the sequence-dependent perturbations of DNA helical structure, D form to B form.
