Pseudomonas alcaligenes의 5S rRNA의 이차구조를 Wolters와 Erdmann(1988)이 제안한 일반 모형에 따라서 구성한 다음에 그것을 효소적인 방법과 화학적인 방법으로 세밀하게 살펴보았다. 효소반응은 $37^{circ}C$에서 실시하였으며, 화학변형들은 $0^{circ}C$에서 $90^{circ}C$까지의 여러 온도에서 실시하였다. 이렇게 해서 결정된 이차구조는 5개의 나선 부분과 5개의 고리 부분들로 이루어져 있다. B줄기의 66번 위치 $(A_{66})$와 C줄기의 52번과 53번 위치들 $(A_{52}A_{53})$에는 내밀린 구조가 있다. 이러한 특징들은 다른 연구자들이 제안한 일반 모형에서도 볼 수 있다. 비표준형 염기쌍 $A_{104}*G_{72}$와 $U_{81}*U_{95}$의 존재에도 불구하고 D줄기와 E줄기는 안정하다는 것이 밝혀졌다. M고리와 B줄기 사이의 접속 부분에 있는 염기쌍 $G_{16}:G_{68}$과 B줄기와 $I_1$ 고리의 접속 부분에 있는 염기쌍 $G_{23}:C_{60}$은 비교적 불안정하다는 것이 밝혀졌다. 다른 한편, $I_1$고리와 C줄기의 접속 부분에 있는 $C_{28}$과 $G_{56}$은 염기쌍을 형성하지 않고 고리의 일부분을 이루고 있음이 밝혀졌다.
The secondary structure of 5S rRNA from P. alcaligenes constructed according to a model proposed by Wolters and Erdmann(1988) were examined in detail by enzymatic and chemical methods. Enzymatic cleavage reactions were carried out at $37^{circ}C$, while chemical modifications were carried out at various temperatures in the range of $0^{circ}C$ to $90^{circ}C$. The constructed secondary structure consists of five helices and five loops. There are two bulges: one at position $66(A_{66})$ in stem B, and the other at positions 52 and $53(A_{52}A_{53})$ in stem C. These features are also found in the gereralized models proposed by other authors for prokaryotic 5S rRNAs. It was found that stem D and stem E are quite stable in spite of the presence of nonstandard base pairs, $A_{104}*G_{72}$ and $U_{81}*U_{95}$. It was also found that base pair $G_{16}:C_{68}$ at the junction between loop M and stem B, base pair $G_{23}:C_{60}$ at the junction between stem B and loop $I_1$ are relatively unstable. On the other hand, $C_{28}$ and $G_{56}$ at the junction between loop $I_1$ and stem C exist as part of the loop $I_1$, instead of forming G:C base pair.
