과학기술혁신본부는 기존의 과학기술행정체제의 개편과는 접근방식에서 질적으로 다른 특성을 가지고 있다. 또한 이러한 시도는 과학기술정책 분야만이 아니라 운영의 성과에 따라서는 범정부적인 행정개혁의 모델이 될 수도 있다고 평가된다. 본 논문은 과학기술혁신본부 행정체제 개편의 내용을 참여정부 이전까지 기존의 과학기술행정체제개편에서 논의되었던 쟁점 및 고려요인과 비교하면서 과학기술혁신본부 방식의 특성을 검토하였다. 혁신본부의 향후 발전과제는 이러한 특성을 고려하면서 정책조정력 향상의 관점에서 분석하였다. 본 연구는 이제 막 출범한 과학기술혁신본부가 성공적으로 운영되기 위한 제도적인 요건을 검토하고자 하는 취지에서 수행하였다.