지역 혁신 시스템 이론은 혁신 지식의 생산, 축적 및 확산을 통한 지역 경제 발전을 목적으로 한다. 지역 혁신 시스템 이론이 지역에 소재하는 기업, 혹은 연구 기관 등에서 출현하는 지식의 확산에 기여하고, 상호 학습의 네트워크 형성을 결과하며 지역 혁신 역량 강화에 기여해왔다. 그러나 경제적 목표 지향의 혁신 기술성과, 혁신 지식 창출을 장려하는 지역 차원의 혁신 시스템 구축 논의를 친환경성, 지속가능성이라는 사회적 목표를 고려하는 녹색 혁신 시스템에 그대로 적용하기에는 한계가 있다. 여기서는 제 3세대 혁신론, 전환 관리 및 전략적 니치 관리 이론, 지속가능혁신론에 입각해서 ‘녹색 지역 혁신’의 이론 및 정책 대안을 모색해보았다. 지속 가능성이라는 사회적 목표를 이루자면, 장기적으로 사회-기술 시스템 전환을 목표로 해야 하고, 이들 전환은 지속가능 기술의 기술 니치 형성 및 확산을 지향하는 전략적 니치 관리로 가능하다. 지역의 지속가능성 실현을 목표로 하는 녹색 지역 혁신은 전환 관리와 전략적 니치 관리에서 강조하는 장기적 관점과 시스템 관점을 도입할 필요가 있다. 전기 자동차와 같은 지속가능 기술의 확산은 사회-기술 시스템 변화없이 불가능함을 보여준다. 지역에서의 녹색 혁신 역시 개별 기술 개발을 넘어 지역 사회-기술 시스템을 지속가능한 시스템으로 변화시키는 것을 목표로 해야 한다. 이런 전환의 관점에서는 녹색 지역 혁신 정책은 지역 사회 합의에 기반한 장기 비전의 수립이 병행되어야 함을 의미한다. 동시에 통합 정책의 특성을 지녀야 한다. 한편, 사회-기술 시스템 관점은 정책적으로는 기술-경제 부문 혁신 주체만이 아니라 기술 사용자로서 지역의 개별 시민, 시민 그룹을 정책 대상으로 포함해야 함을 의미한다. 녹색 기술 상품의 개발만이 아니라 이들 기술 이미지 관리 등을 통해 기술에 대한 사회적 수용성을 높이는 것, 기술 확산을 가로막는 제도 개선, 법률 정비 등도 혁신 정책의 주요 내용이다. 나아가 녹색 지역 혁신은 지역 사회에서 이루어지는 풀뿌리 혁신들에 주목하고 이들을 강화하는 정책을 지향해야 한다. 유럽의 사례들이 보여주듯이 주로 지역 주민들에 의해 주도되는 풀뿌리 혁신은 참여를 높여 대개 성공적인 지역혁신을 이루어냈다. 이들의 혁신 활동은 재생에너지 기술의 사회적 수용성을 높이는 데도 기여하였다. 또한, 이들의 활동은 지역의 생태, 자원을 가장 잘 반영하고 있었다. 혁신 주체, 혁신 영역에서만이 아니라 녹색 지역 혁신은 정책 수정 등에 개방적이어야 하고, 무엇보다 정책 평가, 모니터링을 정책 일부로 제도화해야 한다. 또한, 정책은 과정에서 혁신 주체들이 사회적 학습을 할 수 있도록 기획되어야 한다. 장기적인 특성을 지니는 녹색 지역 혁신은 이런 평가와 학습이 동반될 때, 지속적인 정당성을 확보할 수 있기 때문이다.